保険診療でピロリ菌除菌を行なうためには、内視鏡検査を受けて胃炎の診断をすることが必須です。内視鏡検査を受けなければ、保険診療で除菌を行なうことはできません。
万一、すでに胃がんがあった場合、ピロリ菌を除菌してもがんがなくなるわけではないので、まず内視鏡検査を受けることをお勧めします。

がん検診対象年齢の40歳未満の方であれば、がんがある可能性は低いことから、内視鏡をやらずに自費での除菌療法を実施し、40歳以降になったら内視鏡検査を受けることも現実的には容認しています。除菌は若いときほど胃がん予防効果があるので、内視鏡を受けたくないばかりに若年者が除菌しないことはよくないとの考えからです。

費用面では、1)保険診療での内視鏡検査+除菌療法、と、2)自費での(内視鏡をやらずに)除菌療法の費用では、2)はその後の除菌判定検査も自費になってしまうため、1)の方が安いと思われますが、自費診療の価格は各医療機関によって異なるので、受診する医療機関にご相談ください。